Το Εργαστήριο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών (ΕΡΕΝΑΕ) ιδρύθηκε το 2011 από το Πανεπιστήμιο Κύπρου, στο πλαίσιο ομώνυμης εναρκτήριας χρηματοδότησης, και ανήκει στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας. Σκοπός της ίδρυσής του ήταν να ενσωματώσει όλες τις μέχρι τότε δραστηριότητες που σχετίζονταν με την Ενάλια Αρχαιολογία και να αποτελέσει ένα δυναμικό χώρο έρευνας και εκπαίδευσης.

Το ΕΡΕΝΑΕ είναι ο μόνος φορέας στην Κύπρο που διεξάγει συστηματικές υποβρύχιες αρχαιολογικές έρευνες: μία έρευνα επιφανείας (στο αγκυροβόλιο της Ξυλοφάγου) και δύο συστηματικές ανασκαφές ναυαγίων βρίσκονται σε εξέλιξη (Ναυάγιο Μαζωτού και Ναυάγιο στα Νησιά Παραλιμνίου) ενώ έχει διεξάγει αναγνωριστική έρευνα επιφανείας στο βορειοδυτικό παραλιακό μέτωπο της Πάφου. Παράλληλα με τις υποβρύχιες έρευνες, διεξάγονται δύο επιδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα με αντικείμενο τη ναυτική ιστορία και παράδοση της Κύπρου. Το πρώτο, με τίτλο 'Πλέοντας στην Κύπρο ανά τους αιώνες' (Sailing in Cyprus through the ages) έχει στόχο την καταγραφή του ιστορικού και αρχαιολογικού ναυτικού τοπίου του νησιού ενώ το δεύτερο, με αντικείμενο τα ναυτικά χαράγματα έχει τίτλο: ΚΑΡΑΒΟΙ: Τα ναυτικά ακιδογραφήματα των μεσαιωνικών μνημείων της Κύπρου : χαρτογράφηση, αποτύπωση και ψηφιοποίηση.

Το ΕΡΕΝΑΕ διαθέτει τον βασικό εξοπλισμό για τη διεξαγωγή των ερευνών πεδίου. Μεγάλο τμήμα του εξοπλισμού αυτού έχει παραχωρηθεί από το Ίδρυμα ΘΕΤΙΣ ενώ το σκάφος του εργαστηρίου, ΑΝΔΡΕΑΣ ΙΩΑΝΝΙΔΗΣ, και ο υπόλοιπος εξοπλισμός έχουν αποκτηθεί με δαπάνες του Πανεπιστημίου Κύπρου. Το εργαστήριο διαθέτει επίσης τον δικό του εξυπηρετητή, λογισμικά και ηλεκτρονικούς υπολογιστές για την αποθήκευση και επεξεργασία των δεδομένων του.

Σε όλα τα ερευνητικά προγράμματα του Εργαστηρίου, υποβρύχια και χερσαία, δίνεται μεγάλη έμφαση τόσο στην εφαρμογή ψηφιακών μεθόδων καταγραφής και αποτύπωσης όσο και στη διαχείριση των δεδομένων. Για το σκοπό αυτό έχει σχηματιστεί μια ομάδα συνεργατών με αντικείμενο την ψηφιακή επεξεργασία των αρχαιολογικών δεδομένων, την αναβάθμιση των υπολογιστικών συστημάτων και την προσαρμογή τους στις ανάγκες της αρχαιολογικής τεκμηρίωσης και ερμηνείας.

To ΕΡΕΝΑΕ έχει ένα ευρύ δίκτυο συνεργατών, όπως το Nautical Archaeological Society της Βρετανίας αλλά και Κυπριακούς φορείς όπως: το Ωκεανογραφικό Κέντρο του Πανεπιστημίου Κύπρου, το Τμήμα Αρχαιοτήτων, το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών και Γεωπληροφορικής του Τεχνολογικού Πανεπιστημίου Κύπρου και το Κυπριακό Ινστιτούτο.