Για τη διασφάλιση της ομαλής οργάνωσης και λειτουργίας, η Υπηρεσία έχει οργανωθεί σε τέσσερις Τομείς καθώς και σε ένα Γραφείο υποστήριξης της Υπηρεσίας και των Τομέων:

• • Τομέας Προγραμματισμού & Μελετών
  • Τομέας Κατασκευών & Διεύθυνσης Έργων
  • Τομέας Λειτουργίας & Συντήρησης
  • Τομέας Ηλεκτρομηχανολογικών Υπηρεσιών
  • Γραφείο Υποστήριξης Υπηρεσίας