Οι εργασίες του Τομέα Εσωτερικού Ελέγχου διακρίνονται σε Προγραμματισμένες και σε Μη Προγραμματισμένες / Ειδικές Έρευνες.
 
 
1. Προγραμματισμένες Εργασίες Ελέγχου
 
Οι προγραμματισμένες εργασίες του Τομέα Εσωτερικού Ελέγχου, εγκρίνονται από την Επιτροπή Ελέγχου του Συμβουλίου, μέσω του Προγράμματος Εργασιών Ελέγχου.
 
Ο Τομέας Εσωτερικού Ελέγχου διεξάγει ένα ευρύ φάσμα ελέγχων, συμπεριλαμβανομένων των πιο κάτω:
 
Οικονομικός Έλεγχος
 
Εξετάζει ζητήματα σχετικά με το λογιστικό χειρισμό και την ετοιμασία των οικονομικών καταστάσεων. Σκοπός του οικονομικού ελέγχου είναι να εξακριβώσει ότι, οι οικονομικές δραστηριότητες του Πανεπιστημίου αντανακλώνται ορθά και δίκαια στις Οικονομικές του Καταστάσεις.
 
Έλεγχος Συμμόρφωσης
 
Καθορίζει το βαθμό συμμόρφωσης του Πανεπιστημίου με τους Νόμους, Κανονισμούς, Κανόνες, Αποφάσεις και Οδηγίες, που ρυθμίζουν τη λειτουργία του.
 
Λειτουργικός Έλεγχος
 
Επιθεωρεί τα εσωτερικά συστήματα και τις διαδικασίες ελέγχου της λειτουργίας του Πανεπιστημίου και εξετάζει τη δυνατότητα υιοθέτησης νέων μεθόδων, που μπορούν να βελτιώσουν την αποδοτικότητα και αποτελεσματικότητα και να συμβάλουν στη μείωση των κινδύνων.
 
Έλεγχος Πληροφορικών Συστημάτων
 
Αξιολογεί τα συστήματα εσωτερικού ελέγχου των πληροφορικών συστημάτων, την ασφάλεια των δεδομένων, τις διαδικασίες ανάπτυξης των συστημάτων και τις απαιτήσεις τους.
 
Συμβουλευτικές Υπηρεσίες
 
Καλύπτει ένα ευρύ φάσμα συμβουλευτικών υπηρεσιών, που επιτρέπει στο Πανεπιστήμιο να αξιοποιήσει τις γνώσεις και εμπειρίες του Εσωτερικού Ελέγχου, στην επίλυση προβλημάτων, στη μείωση των κινδύνων και στη βελτίωση των διαδικασιών λειτουργίας του.
 
 
2. Μη προγραμματισμένες Εργασίες / Ειδικές Έρευνες
 
Η ανάθεση εντολών/οδηγιών στον Εσωτερικό Ελεγκτή, για διεξαγωγή Ειδικών Ερευνών, γίνεται ως ακολούθως:
 
• Ο Πρόεδρος του Συμβουλίου και ο Πρύτανης δύνανται να ζητούν τη διεξαγωγή Ειδικών Ερευνών, από την Επιτροπή Ελέγχου. Ο Πρύτανης μπορεί να χρησιμοποιεί ποσοστό μέχρι 20% του χρόνου του Εσωτερικού Ελεγκτή, για ανάθεση ειδικών ερευνών στο πλαίσιο της άσκησης των δικών του καθηκόντων, σε συνεννόηση με τον Πρόεδρο της Επιτροπής Ελέγχου.
 
• Αξιωματούχοι του Πανεπιστημίου (Αντιπρυτάνεις, Διευθυντής Διοίκησης και Οικονομικών) μπορούν να υποβάλλουν αιτήματα για διεξαγωγή Ειδικών Ερευνών, στον Πρύτανη. Ο Πρύτανης τα αξιολογεί και τα υποβάλλει στην Επιτροπή Ελέγχου, για λήψη απόφασης.
 
• H Επιτροπή Ελέγχου αποφασίζει για την αναγκαιότητα διεξαγωγής της Ειδικής Έρευνας ή άλλης εργασίας και καθορίζει τη σειρά προτεραιότητάς της.
 
• Ο Εσωτερικός Ελεγκτής μπορεί αυτεπάγγελτα να επιλέγει θέματα για έλεγχο, να καθορίζει πεδία εργασίας και να υιοθετεί τεχνικές που απαιτούνται για να επιτύχει τους ελεγκτικούς του στόχους.